На западе и северо-западе территория округа по акватории Чёрного и Азовского морей, а также по суше на Перекопском перешейке и части Арабатской стрелки, граничит с Украиной, на востоке — с Казахстаном. На юге граничит с Абхазией и Северо-Кавказским федеральным округом, на севере — с Центральным и Приволжским федеральными округами.

На востоке федеральный округ ограничен Каспийским морем, на западе — Чёрным морем.